Näyttelytilat
Museon näyttelytilat jakautuvat kahteen osaan, entisen kemikalointisalin näyttelyyn sekä laboratoriopuoleen. Kemikalointisalin näyttely kertoo varhaisesta vesihuollosta sekä vesilaitostoiminnan kehityksestä Turussa 1800-luvun lopulta lähtien. Se muistuttaa puhtaan juoma- ja talousveden merkityksestä ihmisille ja yhteiskunnalle. Näyttelyssä esitellään myös arjen vedenkulutusta ja siinä tapahtunutta muutosta noin viimeisen sadan vuoden aikana. Laboratoriopuolella kävijä pääsee tutustumaan vesilaitoksen entiseen laboratorioon, jossa analysoitiin Aurajoesta otetun raakaveden ja prosessoidun veden laatua. Laboratorio on pitkälti autenttinen kokonaisuus.
Kemikalointisali
Kemikalointisali on toiminut alun perin kemikaalien liuotushuoneena. Suurin osa kemikalointisalin laitteista jäi pois käytöstä uuden päärakennuksen valmistuttua vuonna 1954. Ainoastaan jälkikalkinsyöttö hoidettiin vanhasta kemikalointisalista vielä muuton jälkeenkin. Muut laitteet purettiin 1970- ja 1980-lukujen vaihteessa, mutta kalkinsyöttökone on yhä edelleen paikoillaan näyttelyesineenä.
Tisurikoppi
Kemikalointihuoneen viereinen tisurikoppi eli päivystäjän huone on sisustettu käyttöaikaiseen tilaansa. Kemikaliomiehet pitivät siellä kirjaa punnittujen kemikaalien määristä, jakolaitteissa käytetyistä lasipilleistä ja pumpatun veden määrästä. Tisurikopissa sijaitsi pitkään vesijohtolaitoksen keskuspuhelinkone, josta sai yhteyden myös kaupungin keskukseen. Keskuspuhelin poistettiin kuitenkin 1940-luvulla, jonka jälkeen tisurikopin seinäpuhelimesta sai yhteyden ainoastaan laboranttiin, kemistiin ja vuorokonemestariin.
Laboratorio ja johtajan huone
Myös museon laboratoriopuoli on kunnostettu sen käyttöaikaiseen tilaan. Eteinen, laboratorio, kaasunkehityshuone ja johtajan huone olivat käytössä vuodesta 1923 vuoteen 1954, jolloin toiminta siirtyi vesilaitoksen uuteen päärakennukseen. Laboratorion esineistö on suurimmaksi osaksi alkuperäistä, vaikka kaikkia esineitä ei ole kyetty ajoittamaan. Laboratorioon oli sen perustamisvaiheessa hankittu hyvin kattava ja ajanmukainen välineistö eikä tutkimusmenetelmissä 1950-lukuun mennessä tapahtunut suuria muutoksia.
Ainutlaatuinen esinekokoelma
Vesilaitosmuseon esinekokoelma koostuu valtaosin Halisissa vanhaan laboratorioon ja johtajan huoneeseen jääneestä esineistöstä. Näihin kuuluvat alkuperäinen laboratoriovälineistö sekä huoneiden kalusteet. Uudempia esineitä on saatu vesilaitoksen henkilökunnan täydennettyä kokoelmaa vuosien varrella tarpeettomaksi jääneellä työvälineistöllä. Vesilaitosmuseon esinekokoelmaa on täydennetty myös muiden toimipisteiden esineillä. Kokoelmaan kuuluu esimerkiksi Eerikinkatu 34:ssä sijainneen Kaasu- ja vesilaitoksen esineistöä.
Osa Turun kaupungin kaasulaitoksen laboratoriovälineistä ja kemikaaleista siirtyi jo 1970-luvulla vesilaitoksen omistukseen kaasulaitoksen lopetettua toimintansa. Monen kokoelmaan kuuluvan esineen alkuperäinen käyttöpaikka onkin epäselvä. Vedenjakeluun liittyvää välineistöä on löytynyt jonkin verran myös Yliopistonmäen vesilinnan varastosta. Esineet ovat mahdollisesti Eerikinkadun vedenjakeluosastolla käytettyä työvälineistöä, joka jäi tarpeettomaksi osaston siirryttyä 1990-luvulla Halisiin.
Myös Kaarningon varastorakennuksesta, pumppuhuoneesta ja asuinhuoneista löytyneet esineet ovat tärkeä osa vesilaitostoiminnan historiaa ja museon kokoelmaa. Pumppaamon päärakennuksen pajahuoneesta kerättiin museon perustamisprojektin yhteydessä käytöstä poistettuja työvälineitä, jotka liitettiin museon kokoelmaan. Rakennuksen vintille oli vuosikymmenien aikana muodostunut Kaarningolla työskennelleiden henkilöiden arkipäiväisestä elämästä kertonut monipuolinen esinekokoelma. Vesilaitoksen kokoelman vanhimpiin esineisiin kuuluu Kaarningolta löytyneet höyrypumpun nimikyltti sekä kenttäahjo, jotka molemmat ovat esillä kemikalointisalin näyttelyssä.
Lahjoitukset ja esinelainat
Vesilaitosmuseon esinekokoelma on kasvanut myös lahjoitusten myötä. Lahjoittajina ovat olleet niin yhteisöt kuin yksityiset henkilötkin. Esimerkiksi Viljavuuspalvelu Oy:n museolle lahjoittama analyysikirja 1800- ja 1900-lukujen vaihteesta on esillä näyttelyssä. Viljavuuspalvelu Oy:n edeltäjä Turun kemiallinen ja siementarkastuslaitos analysoi turkulaisia kaivovesiä ennen vesilaitoksen perustamista. Myös Nummenpakanseura ry:ltä lahjoituksena saatu Halistenkosken pienoismalli on esillä näyttelyssä. Vesilaitosmuseon oman kokoelman esineiden lisäksi Turkulaisen juomaveden tarina -näyttelyssä on esillä Turun museokeskukselta lainassa oleva hirsisalvoskaivo, joka on peräisin 1700-luvulta.